A UIECB possui Departamentos, que são órgãos que executam os serviços específicos e podem ter ramificações regionais.

A UIECB possui os seguintes departamentos:

1. Departamento de Evangelização e Missões – DEM

2. Departamento de Atividades Ministeriais – DAM

3. Departamento de Educação Teológica – DET

4. Departamento de Educação Religiosa e Publicações – DERP