Confederações, são órgãos criados com o fim de coordenar as atividades leigas das Igrejas associadas. A UIECB possui as seguintes Confederações:

1. Confederação das Uniões Auxiliadoras Femininas – COUAF

2. Confederação das Uniões de Homens Evangélicos Congregacionais – CONFEHUEC

3. Confederação da Mocidade Evangélica Congregacional – COMEC

4. Confederação das Uniões de Adolescentes Congregacionais – COUAC